On a observé durant 6 campagnes d’observation du milieu marin menées depuis 22 ans en plusieurs sites du canyon grâce à un robot sous-marin :

• une abondance de crustacés à quelques mètres du point de rejet, la présence de poissons, des colonies de coraux sur la canalisation et de nombreuses autres espèces de la macrofaune sur les fonds marins.
  
• des peuplements sous-marins riches et variés autour de la canalisation d’Alteo. Sur le plateau continental, celle-ci sert de refuge à de nombreuses espèces de coraux, éponges, crustacés et de poissons jusqu’à plus de 250 m de profondeur.
  
• dans le périmètre d’influence des rejets de résidus les peuplements des fonds marins meubles restent diversifiés jusqu’à – 2 400 m. En 2012, une étude a notamment démontré que les résidus n’ont pas d’impact sur les foraminifères   (indicateurs de vie marine) (Etude C Fontanier et Al 29 octobre 2014).
  
• Néanmoins, les peuplements ont disparu dans la zone immédiate de l’écoulement (vraisemblablement par effet mécanique). L’arrêt du rejet de boues rouges laisse envisager une recolonisation progressive des zones actuellement impactées.
  

Ces études permettent de conclure à une absence d’impact notable des résidus sur la macrofaune benthique   (animaux aquatiques) y compris à forte profondeur.
Pour sa part, l’Agence des Aires Marines Protégées a réalisé en 2013 des campagnes d’observation dans les canyons profonds de Méditerranée. Le canyon de Cassidaigne fait partie des sites les plus exceptionnels de la façade méditerranéenne française par l’exubérance des espèces et l’abondance des coraux blancs.